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有机肥改土沃土效果好，鸡粪是有机肥的重要原材料，具有养分含量高、养分全面、肥效快的优点。鸡粪有机肥一般作为蔬菜果树等经济作物的基肥使用，可有效提高农作物品质，改良土壤结构。
而鸡粪、干鸡粪往往其中含有大量的病菌、虫卵等，未经过彻底腐熟直接施入土壤中，会严重破坏土壤环境，增加病虫害发生几率。鸡粪未经腐熟直接施入田里的确有一定的风险。粪便中含有大肠杆菌、寄生虫和其它有害病菌，进入土壤容易滋生作物病虫害。此外，鸡粪偏酸性，会加剧土壤酸化，导致作物病害。
另外使用生鸡粪或烘干鸡粪未经彻底腐熟施入土壤，会导致土壤微生物爆发性增长，产生的热量严重灼伤根系，同时微生物会快速消耗土壤中的氧气，分解并释放大量氨气等有害气体，一方面抑制根系的有氧呼吸，另一方面氨气熏坏根系和幼苗叶片。
加之鸡粪中的抗生素和重金属含量较高。抗生素主要来源于饲料，由于鸡的养殖密度大，防疫要求高，在畜禽中抗生素使用量相对较大，加之鸡的消化道短，极少数养殖场在饲料中添加的抗生素，更容易通过粪便排出。
事实上，即使鸡粪中含有抗生素，也可以通过工业手段实现降解。工业化生产的商品有机肥利用堆肥化处理工艺（主要是好氧堆肥），经过高温、发酵，基本上可以降解鸡粪中60%~70%的抗生素，达到无害化处理的要求。
农业生产出现一个现象，一边是化肥过量使用带来土壤酸化和水体的富营养化，一边是畜禽粪污堆积得不到有效利用造成的污染，通过增施有机肥，就把这一问题解决好了，通过有机肥替代化肥，使农牧结合更紧密，把畜禽粪污利用起来，也使农产品质量提升了，是一举多得的好事儿。
推广有机肥是落实*发展观、建设社会主义新农村的重大战略举措，是促进农业增产、农民增收的重要措施，是提高农产品品质、增强市场竞争力的重要环节，是发展循环经济建设节约型社会的重大行动，是减少污染、培肥地力、提高农业综合生产能力的治本措施，是降低生产成本、促进农民节本增收的重要途径。