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独立式发酵床也叫异位发酵床。需要在养猪场的旁边建设一个大棚和集污池，一般要求需要5米多宽（因为翻耙机长度为3米），长度根据养殖量决定（一般存栏500头猪只要100平方米，平均每头猪占0.2平方米）。通过各种设备将粪污收集在集污池中，然后由污泥泵将里面的粪污均匀地分布于预先铺设好的发酵床垫料中，开动翻耙机耕匀垫料，即进入正常运转。它解决了前面两代技术中所有的问题，特别是可以人为掌控进入垫料中的粪污量。通过良好的管理，死床的现象不会出现；还解决了通过空气传播的病害，更规范，更自动化。并且独立式发酵床垫料的原料选择非常的广泛，垫料消耗少，可持续使用2年。
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新技术需要增加设施，在管理上需要尽量减少冲栏水，减少发酵床的压力，设置饮水防漏水装置等，使漏水能留到另外的集污池；要增设集污搅拌池、污泥泵和输送管道、自动翻耙机、粪污喷淋设备等；以及饮水器*好适当改进，让漏嘴水另外分流；现代化的集“翻耙-布污”一体化的设备有等完*。
独立式发酵床垫料的原料选择非常的广泛，各种垫料，如秸秆、木屑、花生壳；垫料消耗少（每头猪消耗垫料0.04立方米），使用成本低，平均一头猪从出生到出栏大概只需要1.2～1.8元的菌种成本，如果加上垫料的成本大概5块钱左右。
冬天或者初次建设时，在垫料中补充能量如玉米粉100克/平方米或*50克/平方米。独立式发酵床垫料厚度为50～100公分，在北方越厚越好，有自我保温性能，但翻耙机必须保证翻耙70%以上深度。
独立式发酵床垫料中95%的水分是挥发到空气中去的，所以需要定期打开来排气，尤其冬天，在中午打开塑料卷棚适当排气。发酵床垫料中的氮主要是通过菌种反硝化细菌脱氮变成无色无味的氮气挥发到空气。虽然减少了粪污的肥效，但同时也减少了对土地的硝化面积。在此，钟启平还给我们介绍了新一代“反硝化脱氮-酸化-脱硫-解磷”发酵床复合型菌种，该菌种含有：屎肠球菌、粪肠球菌、反硝化细菌、硫化物氧化细菌、解磷解钾菌、产朊假丝酵母、适当的地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、以及高活力酶制剂，各菌种都具有各自的优势，达到多菌协调增效的作用，具有分解粪便能力强的优势。