由于畜禽粪便处理不当会引发多种环境问题，对其进行无害化处理意义重大。我国畜禽粪便利用率不足50%，其中规模养殖业产生的畜禽粪便经无害化处理的不足10%。目前畜禽粪便无害化处理的方法主要包括饲料化、肥料化、能源化等。
1、饲料化
粪便含有一定的营养成分，可作为饲料资源。在猪仔日粮中添加10%-20%的牛粪对猪仔无不良影响，随牛粪含量增加采食量下降。新鲜粪便中含有残留*物、病原菌、重金属等会影响动物健康。因此粪便需经过一定的处理后代替动物的部分日粮。将粪便在150℃下保持20min,有很好的灭菌效果。用环氧*处理鸡粪，同样取得很好的灭菌效果。用生物处理剂处理畜禽粪便后，各项卫生指标均符合国家有关饲料卫生标准，有效降低饲料成本10.31%-12.04%，饲料转化率提高3.73%-5.16%。
2、肥料化
畜禽粪便是传统的有机肥料。堆肥是粪便在微生物的作用下，使有机物矿质化、腐殖化和无害化而变成肥力更好的腐熟肥料的过程。在此过程中，蛋白质中的氮磷被分解成可被植物利用的有效态氮、磷，且产生腐殖质，增加土壤肥力。堆肥能杀死畜禽粪便中的病原菌、杂草种子等，同时减少粪便体积和降低臭味，便于运输。
3、能源化
能源化是将畜禽粪便通过一定的技术方法转化为可利用的能源，包括燃烧产能、厌氧发酵产气等。
畜禽粪便能源化是经济有效的处理方法。但若操作不当，会引发环境问题。粪便燃烧时产生大量有害气体和温室气体。厌氧发酵后产生大量沼渣沼液，沼渣可作为肥料直接还田，沼液需要经过处理才能排放。将膜过滤技术和用缺氧-好氧膜生物反应器处理沼液均取得良好效果。
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