认定新型研发机构按以下程序进行：
1. 发布通知。省科技厅在每年的一季度发布组织申报新型研发机构的工作通知，明确申报单位需提交的文件材料、工作流程和其他相关要求，启动新型研发机构认定工作。
2. 网上申报。符合条件的申报单位，登录安徽省科技管理信息系统，在规定时间内填写《安徽省新型研发机构申报表》、上传有关证明材料，并向属地市科技主管部门提交盖章的纸质申报材料和电子文档。
3. 汇总推荐。各地市科技管理部门负责接收申报机构的申报材料，对材料的完整性与规范性进行审核并提出推荐意见，汇总后报送省科技厅。
4. 形式审查。省科技厅委托第三方服务机构对申报材料的*实性和合规性进行形式审查，符合要求的进入评审论证环节。
5. 评审论证。省科技厅按要求组织专家采取定量与定性相结合的方法对申报材料进行评审，并结合实地考察论证提出综合意见。
6. 名单公示。业务处室根据专家评审论证意见，提出认定意见并报厅务会研究通过后，在省科技厅网站上进行公示。
7. 发布名录。省科技厅对公示无异议的申报机构，按年度统一发文公布安徽省新型研发机构名录。
申报新型研发机构须提交以下材料：
1. 安徽省新型研发机构申报表；
2. 组织*（统一社会信用代码）、营业执照或者事业单位（社会团体）登记证、税务登记证等有效证件复印件；
3. 研发人员（包括姓名、年龄、学历、专业、职称、工作岗位等信息）和全体职工人员清单；
4. 经具有资质的中介机构出具的上一年度财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
5. 经具有资质的中介机构鉴证的上一年度研究开发费用情况表，并附研究开发活动说明材料；
6. 单价10 万元以上的科研仪器设备清单（包括设备和软件的名称、数量、原值总价、购置年份等信息）、发*复印件；
7. 机构章程和管理制度（包括人才引培、薪酬激励、成果转化、科研项目管理、研发经费核算等）；
8. 近2 年（注册运营不足2 年的提交从成立以来）承担的政府和企业科技计划项目、自主立项研发项目、合作及委托研发项目清单（包括项目名称、项目下达部门、编号、合作或委托单位、金额、起止时间）、立项证明或合同复印件；
9. 近2 年（注册运营不足2 年的提交从成立以来）科技成果产出和转化清单（包括成果名称、成果形式、成果登记时间、转化方式、转化收入及技术交易合同等相关证明材料）；
10. 近2 年（注册运营不足2 年的提交从成立以来）创业与孵化育成企业清单（包括服务、创办、孵化企业，设立产业*，开展产学研协同创新等证明材料）
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